Nó là sự giao thoa giữa loạt phim Lupin III và Case Closed và diễn ra sau bộ phim truyền hình đặc biệt Lupin thứ 3 vs Thám tử lừng danh Conan, kết hợp thêm nhiều yếu tố khác nhau từ người tiền nhiệm trong cốt truyện của nó. Cốt truyện theo chân Conan Edogawa, người bắt giữ Arsene Lupin III, kẻ tình nghi ăn trộm một viên ngọc có tên Cherry Sapphire.