Số phận của thế giới đang bị đe dọa bởi những thực thể có vẻ quái dị được gọi là Thiên thần. NERV là một tổ chức được thành lập để chống lại mối đe dọa này và việc bảo vệ Trái đất là tùy thuộc vào các phi công trẻ, nhưng chính xác thì động cơ thực sự đằng sau NERV là gì?