Dưới sự tấn công liên tục của các Thiên thần, NERV giới thiệu hai phi công mới: Makinami Mari Illustrous bí ẩn và Asuka Langley Shikinami mãnh liệt. Song song với cuộc xâm lược, Gendo Ikari và SEELE tiến hành dự án bí mật liên quan đến cả Rei và Shinji.
