QuyHai năm sau kết thúc của phần 1 (The Bourne Identity),
Bourne (Matt Damon) và Marie (Franka Potente) đang sống ở Goa, Ấn Độ.
Trong những giấc mơ, Bourne luôn bị ám ảnh bởi một nhiệm vụ ám sát tại Berlin.
Tại Đức, một số nhân viên CIA dưới sự chỉ đạo của phó giám đốc Pamela Landy đang thực hiện giao dịch mua lại “hồ sơ Neski” với giá 3 triệu đô.
Nội dung của “hồ sơ Neski” là về một vụ cướp 20 triệu đô của CIA bảy năm trước. Khi giao dịch đang diễn ra,
Kirill (Karl Urban) bất chợt xuất hiện, dàn dựng hiện trường với dấu tay của Bourne, giết chết hai nhân viên CIA, cướp đi hồ sơ và 3 triệu đô.
