50 năm trước, những sinh vật bí ẩn được gọi là "khổng lồ" đột nhiên xuất hiện trên khắp thế giới, gây ra một mối đe dọa hiện hữu cho nhân loại. Để phòng thủ chống lại những ma tộc này, những người lính dưới hình dạng các cô gái tuổi teen được gọi là "Lilies" sử dụng năng lượng "Magie" trong cơ thể của họ để tạo sức mạnh cho vũ khí được gọi là "Counter Huge ARMS" hoặc "CHARMS."
Sau khi được cứu bởi một Lily hai năm trước trong khi di tản khỏi một cuộc tấn công khổng lồ, Riri Hitotsuyanagi đã thề sẽ tự mình trở thành một Lily. Cô đăng ký vào học viện danh tiếng Yurigaoka, nơi đào tạo Lilies, và phát hiện ra rằng một trong những người bạn cùng lớp của cô là Yuyu Shirai – cũng chính là Lily đã cứu cô. Tuy nhiên, khiến cô ấy bối rối nhiều khi người mà cô ấy cho là vui vẻ hóa ra lại khá chống đối xã hội và thích chiến đấu một mình. Mặc dù vậy, Riri vẫn mong muốn được kết thân với Yuyu và sẵn sàng làm bất cứ điều gì có thể để đạt được mục tiêu đó.
